Die Cleanroom-Methode ist gut geeignet für viele Fälle von besonders qualitätskritischen Systemen, vor allem hochkomplexe wie Betriebssysteme, Mikrocode, Server, Echtzeitsysteme, etc. Kennzeichen solcher Systeme sind ein komplexer und wenig anschaulicher Zustandsraum, relativ klar definierte Ein-/Ausgabeschnittstellen und oftmals Interaktionen mehrerer nebenläufiger Aktivitäten.
Für andere Arten von Software ist Cleanroom hingegen kaum geeignet und zwar immer dann, wenn es schwierig ist, eine formale Spezifikation anzugeben. Dies gilt insbesondere für viele Arten von interaktiven Programmen. Man stelle sich beispielsweise den Versuch vor, für ein Programm wie MS-Word eine formale Spezifikation anzugeben.
Eine weitere Schwierigkeit ergibt sich im Zusammenhang mit dem statistischen Testen. Wenn der Anwendungsbereich nämlich bewirkt, daß Testdaten ,,teuer`` sind, kann ein statistisches Testen nicht zu vernünftigen Kosten durchgeführt werden. Das ist immer dann der Fall, wenn es schwierig ist, zu gegebenen Eingabedaten festzustellen, ob die vom Programm erzeugten Ausgaben korrekt sind oder nicht.
Ferner stellt Cleanroom hohe Anforderungen bezüglich gewisser Randbedingungen der Systementwicklung. So ist erstens ein hoher Ausbildungsstand der Softwareingenieure nötig, denn eine ausreichende Beherrschung formaler Beschreibungs- und Schließmethoden ist oftmals nicht gegeben und vielen heutigen Softwarepraktikern wohl auch kaum mehr vermittelbar.
Zweitens muß die Softwareorganisation einen definierten Softwareprozeß verwenden (also mindestens auf CMM-Stufe 3 sein, siehe das Kapitel über den Softwareprozeß). Andernfalls kann die Einhaltung und Überwachung der nötigen Verifikationsdisziplin nicht gewährleistet werden.