Free University of Berlin
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| Termin (2 SWS) | siehe weiter unten |
| Aktuelle Information | |||||||||
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Das Seminar findet ab 06.12. jeweils freitags von 16:00-18:00 Uhr im
SR053 in der Informatik (Takustr.) statt. Die geplannte Vortragsdauer
soll 40min nicht überschreiten. Pro Sitzung finden jeweils zwei Vorträge
statt. Bitte beachten sie bei der Vorbereitung nachfolgende
Tipps.
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| Inhalt des Seminars | |||||||||
| Das Seminar baut auf den ersten Teil der Vorlesung über Markov-Ketten auf, in welcher die benötigten Grundlagen gelegt werden. In dem Seminar sollen verschiedenen Anwendungen von Markov--Ketten, wie z.B. Hidden-Markov Modelle etc., auf Probleme aus der Bioinformatik erarbeitet werden. Nähere Informationen zu Vorlesung finden sich hier. | |||||||||
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| Kontakt: | |||||||||
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Christof Schütte
(Institut für Mathematik II, Arnimalle 2-6, Raum 132,
schuette@math.fu-berlin.de, Tel: 838975353)
Wilhelm Huisinga (Institut für Mathematik II, Arnimalle 2-6, Raum 110, huisinga@math.fu-berlin.de, Tel: 838975119) Alexander Schliep (Max Planck Institut für Molekulare Genetik, Abteilung Computational Molecular Biology, schliep@molgen.mpg.de, Tel: 8413-1166) | |||||||||
| Vortragende und Themen | |
| 06. Dez. 2002 |
Anna Egorova:
Hidden Markov Modelle: Einführung I
Grundlage: R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson "Biological Sequence Analysis", Cambridge University Press, Cambridge 1998, Kap. 3 |
| 06. Dez. 2002 |
Bogdan Starec:
Hidden Markov Modelle: Einführung II
Grundlage: R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson "Biological Sequence Analysis", Cambridge University Press, Cambridge 1998, Kap. 3 |
| 13. Dez. 2002 |
Christopher Ritter:
Das "Maximum Likelihood"-Problem
Grundlage: M. Welling "EM-algorithm", California Institute of Technology, Tutorial und J. Bilmes "A Gentle Tutorial of the EM Algorithm and its Application to Parameter Estimation for Gaussian Mixture and Hidden Markov Models", International Computer Science Institute, 1998. |
| 13. Dez. 2002 |
Benjamin Georgi:
Der "Expectation Maximization"-Algorithmus (ppt,
pdf)
Grundlage: M. Welling "EM-algorithm",
California Institute of Technology, Tutorial und P. Haddawy "An overview of
some recent developments in Bayesian problem solving techniques", AI Magazine, Special Issue on Uncertainty in AI, 1999.
A Tutorial on Hidden Markov Models and Selected Applications in Speech Recognition,
Lawrence R. Rabiner, Proceedings of the IEEE, 77(2), 1989. |
| 20. Dez. 2002 |
Matthias Knospe:
Paarweise Sequenzvergleiche mit HMMs (findet nicht statt)
Grundlage: R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson "Biological Sequence Analysis", Cambridge University Press, Cambridge 1998, Kap. 4 |
| 20. Dez. 2002 |
Utz J. Pape:
Probabilistische Modelle der Evolution (ppt,
pdf)
Grundlage: R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson "Biological Sequence Analysis", Cambridge University Press, Cambridge 1998, Kap. 8.1-8.5 |
| 10. Jan. 2003 |
Christopher Ozdoba:
Parameter Estimation mit Markov Modellen
Grundlage: T. Müller, M. Vingron "Modeling amino acid replacement", J. Comput. Biol. 2000;7(6):761-76 |
| 10. Jan. 2003 |
Eryk Wolski:
Profile HMMs: Analyse von Proteinsequenzen (pdf)
Grundlage: A. Krogh, M. Brown, I. S. Mian, K. Sjölander, and D. Haussler "Hidden Markov models in computational biology: Applications to protein modeling", Journal of Molecular Biology, 235:1501-1531, Feb. 1994. |
| 17. Jan. 2003 |
Tim Conrad:
Labelled HMMs: Theory (pdf)
Grundlage: A. Krogh "Hidden Markov models for labeled sequences", Proceedings of the 12th IAPR International Conference on Pattern Recognition, pages 140-144, Los Alamitos, California, October 1994. |
| 17. Jan. 2003 |
Adrian Haß:
Labelled HMMs: Gene Finding (pdf,ppt)
Grundlagen: A. Krogh "Two methods for improving performance of a HMM and their application for gene finding", in T. Gaasterland, P. Karp, K. Karplus, C. Ouzounis, C. Sander, and A. Valencia, editors, Proceedings of the Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pages 179-186, Menlo Park, CA, 1997. AAAI Press. A. Krogh "Gene finding: putting the parts together", In Martin J. Bishop, editor, Guide to Human Genome Computing, chapter 11, pages 261-274. Academic Press, San Diego, CA, 2nd edition, 1998. |
| 24. Jan. 2003 |
Julia Weingarten:
Erkennung von Transmembran-Proteinen mit HMMs (findet nicht statt)
Grundlage: A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes", Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001. |
| 24. Jan. 2003 |
Olga Nottmeyer und Andrea Weiße:
Der Zentrale Grenzwertsatz am Beispiel illustriert (Umsetzung mittels MATLAB)
(pdf,ppt)
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| 31. Jan. 2003 |
Jonas Heise & Holger Meyer:
Monte-Carlo Algorithmen I: Problemstellung und Umsetzung mittels Markov-Ketten
(Erster Teil: pdf, zweiter Teil: pdf, ppt) Grundlage: A. Fischer "Die Hybride Monte-Carlo-Methode in der Molekülphysik", Diplomarbeit, FU Berlin 1997, Kap. 4 |
| 31. Jan. 2003 |
Wasinee Rungsarityotin und Alex Fink:
Monte-Carlo Algorithmen II: Metropolis Algorithmus
(Erster Teil: pdf, zweiter Teil: pdf) Grundlage: A. Fischer "Die Hybride Monte-Carlo-Methode in der Molekülphysik", Diplomarbeit, FU Berlin 1997, Kap. 4 |
| 07. Febr. 2003 |
Justyna Komarnicki:
Schnelle Berechnung invarianter Dichten aufgrund von Vorwissen
Grundlage: C.D. Meyer "Stochastic Complementation" - liegt im Sekretariat Auth zur Kopie bereit. |
| 07. Febr. 2003 |
Rainer Przybilla:
Random Walks (findet nicht statt)
Grundlage: Wird nach Rücksprache mit Ch. Schütte bekanntgegeben. |
| 14. Febr. 2003 |
Roland Böhrenz:
Markov'sche Populationsmodelle
Grundlage: Wird nach Rücksprache mit Ch. Schütte bekanntgegeben. |
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| Sonstiges | |||||||||
Tipps für die Vorbereitung von Seminarvorträgen finden sich hier. | |||||||||